Kemiozmotik hipotez, hücrelerin ATP (adenozin trifosfat) üretim mekanizmasını açıklayan temel bir teoridir. Bu hipoteze göre, protonların (H⁺) bir zar boyunca elektrokimyasal gradyan oluşturması, ATP sentaz enzimi aracılığıyla ATP sentezini sağlar. Başka bir deyişle, protonların potansiyel enerjisi, kimyasal enerjiye (ATP) dönüştürülür.
Mitokondri, ökaryotik hücrelerde enerji üretiminin ana merkezidir. Hücresel solunum sırasında, glikoz ve diğer organik moleküller oksitlenir ve bu süreçte açığa çıkan enerji, elektron taşıma zinciri aracılığıyla protonları mitokondri iç zarlar arası boşluğa pompalamak için kullanılır. Bu, iç zarlar arası boşlukta yüksek bir proton konsantrasyonu oluşturur. Daha sonra, protonlar ATP sentaz enzimi aracılığıyla mitokondri matriksine geri dönerler ve bu akış, ATP sentezini tetikler. Bu sürece oksidatif fosforilasyon denir.
Kloroplastlar, bitki hücrelerinde ve diğer fotosentetik organizmalarda bulunan organellerdir. Fotosentez sırasında, ışık enerjisi kullanılarak su molekülleri parçalanır ve bu süreçte açığa çıkan elektronlar, tilakoid zarı üzerindeki elektron taşıma zinciri aracılığıyla taşınır. Bu, protonların tilakoid boşluğuna pompalanmasına ve burada yüksek bir proton konsantrasyonu oluşmasına neden olur. Protonlar daha sonra ATP sentaz enzimi aracılığıyla stromaya geri dönerler ve bu akış, ATP sentezini tetikler. Bu sürece fotofosforilasyon denir.
Bazı bakterilerde, kemiozmotik hipotez hücre zarı üzerinde de işler. Elektron taşıma zinciri, protonları hücre dışına pompalayarak bir proton gradyanı oluşturur. Bu gradyan, ATP sentaz enzimi aracılığıyla ATP sentezini sağlar. Ayrıca, bazı bakterilerde proton gradyanı, flagella motorunu çalıştırmak gibi diğer hücresel işlevler için de kullanılır.