Hikaye, İngiltere'nin kırsalında başlıyor. Albert'ın babası, açık artırmada güzel bir at olan Joey'i satın alır. Albert ve Joey arasında kısa sürede güçlü bir bağ oluşur. Ancak 1. Dünya Savaşı patlak verdiğinde, Albert'ın babası Joey'i orduya satmak zorunda kalır.
Joey, savaşın cehennemine sürüklenir. İngiliz ordusunda görev yaparken çeşitli zorluklarla karşılaşır, farklı sahipleri olur ve savaşın acımasızlığına tanık olur. Siperlerdeki yaşam, topçu ateşleri, yaralı askerler... Joey, savaşın tüm dehşetini bir atın gözünden deneyimler.
Bu zorlu süreçte Joey, umudunu ve hayatta kalma isteğini kaybetmez. Albert ise Joey'i bulmak için her şeyi yapmaya hazırdır. Yaşı tutmamasına rağmen orduya katılır ve Fransa'ya gider. İkisi de birbirlerini bulmak için savaşın ortasında umutla ilerlerler.
Savaş Atı, savaşın sadece insanlar üzerindeki değil, hayvanlar üzerindeki etkisini de çarpıcı bir şekilde gösteriyor. Joey'nin yaşadığı zorluklar, savaşın anlamsızlığını ve yıkıcılığını gözler önüne seriyor.
Kitap, savaşın tüm olumsuzluklarına rağmen dostluğun ve umudun önemini vurguluyor. Albert ve Joey'nin birbirlerine olan bağlılığı, savaşın ortasında bile insanlığın ve sevginin var olabileceğini gösteriyor.