Atom teorisi, maddenin temel yapı taşlarını anlama yolculuğumuzda kilometre taşlarını temsil eden bir dizi bilimsel model ve kavramdan oluşur. Bu yolculuk, antik Yunan filozoflarının spekülasyonlarından modern kuantum mekaniğine kadar uzanır ve her adımda maddenin doğasına dair daha derin bir anlayış kazanmamızı sağlar.
Atom kavramının kökleri, MÖ 5. yüzyılda yaşamış olan Yunan filozofları Leucippus ve öğrencisi Democritus'a kadar uzanır. Onlar, maddenin sürekli olarak bölünemeyeceğini, en sonunda bölünemez parçacıklara ulaşılacağını öne sürmüşlerdir. Bu bölünemez parçacıklara atomos adını vermişlerdir, ki bu Yunanca'da "bölünemez" anlamına gelir. Ancak bu fikirler, deneysel kanıtlara dayanmaktan ziyade felsefi düşüncelerden ibaretti.
John Dalton, 19. yüzyılın başlarında atom teorisini bilimsel bir temele oturtan ilk kişidir. Dalton'un teorisi şu temel varsayımlara dayanır:
Dalton'un teorisi, kimyasal birleşme yasalarını açıklamakta başarılı olmuş ve modern kimyanın temelini oluşturmuştur.
J.J. Thomson, 1897'de elektronu keşfederek atomun bölünebilir olduğunu kanıtlamıştır. Thomson, atomun pozitif yüklü bir küre olduğunu ve bu kürenin içine negatif yüklü elektronların gömülü olduğunu öne sürmüştür. Bu model, genellikle "üzümlü kek" veya "erikli puding" modeli olarak adlandırılır.
Ernest Rutherford, 1911'de yaptığı altın levha deneyiyle Thomson'ın modelini çürütmüştür. Deneyde, alfa parçacıkları ince bir altın levhaya gönderilmiş ve parçacıkların çoğunun levhadan neredeyse hiç sapmadan geçtiği, bazılarının ise büyük açılarla saptığı veya geri yansıdığı gözlemlenmiştir. Bu sonuçlar, atomun büyük bir kısmının boşluk olduğunu ve pozitif yükün küçük bir çekirdekte toplandığını göstermiştir. Rutherford, atomun merkezinde pozitif yüklü bir çekirdek ve etrafında dönen elektronlar olduğunu öne sürmüştür. Ancak bu model, elektronların neden çekirdeğe düşmediğini açıklayamamıştır.
Niels Bohr, Rutherford'un modelindeki eksiklikleri gidermek için 1913'te kendi atom modelini geliştirmiştir. Bohr, elektronların çekirdek etrafında sadece belirli enerji seviyelerinde (yörüngelerde) dönebileceğini ve bu yörüngelerdeyken enerji yaymadıklarını öne sürmüştür. Elektronlar, bir enerji seviyesinden diğerine geçtiklerinde enerji (foton) yayarlar veya soğururlar. Bu model, hidrojen atomunun spektrumunu başarıyla açıklamış ancak daha karmaşık atomların spektrumunu açıklamakta yetersiz kalmıştır.
Modern atom modeli, kuantum mekaniği prensiplerine dayanır. Bu modele göre, elektronların kesin yörüngeleri yoktur; bunun yerine, elektronların belirli bir bölgede bulunma olasılığını tanımlayan atom orbitalleri vardır. Bu orbitaller, elektronların enerji seviyelerini ve uzaydaki dağılımlarını gösterir. Modern atom modeli, atomların ve moleküllerin davranışlarını büyük bir doğrulukla açıklamaktadır.