Gen klonlaması, belirli bir genin veya DNA parçasının bir organizmadan alınıp, bir taşıyıcı vektöre (genellikle bir plazmit) yerleştirilerek, bir konak hücreye (genellikle bir bakteri) aktarılması ve bu hücrede çoğaltılması işlemidir. Temel amaç, ilgilenilen genin birçok kopyasını elde etmek veya bu geni taşıyan organizmalar (örneğin bakteriler) aracılığıyla genin ürününü (örneğin bir proteini) bol miktarda üretmektir.
Klonlanmak istenen gen, kaynak organizmanın DNA'sından çeşitli yöntemlerle (PCR gibi) izole edilir ve saflaştırılır.
Geni taşıyacak olan vektör (genellikle bir bakteri plazmidi) seçilir. Vektör ve hedef DNA, aynı restriksiyon enzimleri ile kesilerek uyumlu uçlar oluşturulur.
Hedef gen ve kesilmiş vektör, DNA ligaz enzimi kullanılarak birbirine bağlanır. Ortaya çıkan yeni yapıya rekombinant DNA molekülü denir.
Oluşturulan rekombinant DNA, genellikle ısı şoku veya elektroporasyon gibi yöntemlerle konak bakteri hücrelerine aktarılır.
Transforme edilmiş hücreler, genellikle vektör üzerinde bulunan bir antibiyotik direnç geni sayesinde seçilir. Sadece rekombinant DNA'yı almış bakteriler antibiyotikli ortamda hayatta kalıp çoğalabilir.
Seçilen bakteri hücreleri, besi yerinde çoğaltılır. Bakteri bölündükçe, içindeki rekombinant plazmit de kopyalanır ve binlerce kopya oluşturulur. Eğer amaç bir protein üretmekse, genin protein üretmesi (eksprese olması) sağlanır.