Ribozomlar, iki alt birimden oluşur: büyük alt birim ve küçük alt birim. Her iki alt birim de ribozomal RNA (rRNA) ve ribozomal proteinlerden oluşmuştur. Bu alt birimler, mRNA (mesajcı RNA) ve tRNA (taşıyıcı RNA) molekülleri ile etkileşime girerek protein sentezini gerçekleştirir.
Prokaryot ribozomları 70S büyüklüğündedir ve iki alt birimden oluşur: 50S (büyük alt birim) ve 30S (küçük alt birim). Ökaryot ribozomları ise daha büyüktür, 80S büyüklüğündedir ve 60S (büyük alt birim) ve 40S (küçük alt birim) alt birimlerinden oluşur. "S" birimi, Svedberg birimidir ve sedimentasyon hızını ifade eder.
Prokaryot ribozomlarının 50S alt birimi 23S rRNA ve 5S rRNA içerirken, 30S alt birimi 16S rRNA içerir. Ökaryot ribozomlarının 60S alt birimi 28S rRNA, 5.8S rRNA ve 5S rRNA içerirken, 40S alt birimi 18S rRNA içerir. rRNA moleküllerindeki bu farklılıklar, ribozomların evrimsel farklılıklarını yansıtır.
Prokaryot ribozomları, ökaryot ribozomlarına göre daha az protein içerir. Örneğin, 70S ribozomunda yaklaşık 50 farklı protein bulunurken, 80S ribozomunda yaklaşık 80 farklı protein bulunur. Bu proteinler, ribozomun yapısını oluşturur ve protein sentezi sürecinde çeşitli görevler üstlenir.
Prokaryot hücrelerde ribozomlar sitoplazmada serbest olarak bulunurken, ökaryot hücrelerde ribozomlar hem sitoplazmada serbest olarak bulunabilir hem de endoplazmik retikulum (ER) üzerinde bulunabilirler. ER üzerinde bulunan ribozomlar, hücre dışına salgılanacak veya zarlara yerleşecek proteinleri sentezler.
Prokaryot ve ökaryot ribozomları arasındaki yapısal farklılıklar, bazı antibiyotiklerin sadece prokaryot ribozomlarını hedef almasını sağlar. Örneğin, streptomisin ve tetrasiklin gibi antibiyotikler, bakteriyel ribozomların işlevini bozarak bakteri büyümesini engellerken, ökaryot hücrelere zarar vermezler. Bu özellik, antibiyotiklerin seçici toksisitesini sağlar.
Prokaryot ve ökaryot ribozomları arasındaki farklılıklar, evrimsel süreçte ortaya çıkmıştır ve hücrelerin farklı ihtiyaçlarına uyum sağlamasına yardımcı olmuştur. Bu farklılıklar aynı zamanda, tıp alanında da önemlidir çünkü bakteriyel enfeksiyonların tedavisinde kullanılan antibiyotiklerin geliştirilmesinde ve hedeflenmesinde rol oynar.